首先需要明确机械自动化系统的功能需求。不同的应用场景可能需要不同类型的控制器，例如，基于逻辑控制的可编程逻辑控制器（PLC）适用于离散控制和逻辑控制的应用，而数控机床控制器（CNC）适用于精密运动控制的应用。确保所选控制器能够满足系统的功能需求。

某些机械自动化系统对实时性要求较高，需要快速响应和精确控制。在这种情况下，需要选择具有高性能的实时控制器，能够在毫秒级别的时间内进行数据处理和决策。例如，基于实时操作系统（RTOS）的控制器可以提供精确的实时控制能力。

了解控制器的编程和配置方式也是选择的关键因素。某些控制器可能需要使用特定的编程语言或开发环境进行编程，而其他控制器可能支持图形化编程或使用标准编程语言。根据用户的技能水平和需求，选择一种适合的编程方式和工具。

机械自动化系统通常需要长时间运行，并且在工业环境中可能面临恶劣的条件。因此，选择具有高可靠性和稳定性的控制器非常重要。这包括考虑控制器的抗干扰能力、耐用性和适应恶劣环境的能力。

最后但同样重要的是，需要考虑控制器的成本效益。不同类型的控制器具有不同的价格范围，因此需要根据预算和性能要求进行权衡。同时，还需考虑控制器的可维护性和支持服务，以确保系统的可靠运行和维护。